Μετά, ήρθε ο πόλεμος:
Οι Άγγλοι ήθελαν να κατασκευαστεί το αεροδρόμιο στο Μάλεμε. Οι κάτοικοι του χωριού παραχώρησαν τις αναγκαίες εκτάσεις. Άλλωστε τα παιδιά τους ήδη πολεμούσαν στην Αλβανία.
Στη Μάχη της Κρήτης οι Γερμανοί είχαν στόχο να καταλάβουν το αεροδρόμιο του Μάλεμε, καθώς μόνο τότε θα υπήρχε ευχέρεια καθόδου των αεροπλάνων τους. Αυτό το κατόρθωσαν το βράδυ της δεύτερης μέρας της Μάχης. Μέχρι τότε τα αεροπλάνα τους έπεφταν στίβα, χτυπημένα από πολυβόλα, κανόνια, ακόμα και επάκτια, αλλά κυρίως από τη θέση Μάχης στο ύψωμα 107 της Βλαχερωνίτισσας. Εκείνο το βράδυ δεν είχαν κατορθώσει οι Άγγλοι να στείλουν εφεδρείες στο ύψωμα. Η τηλεφωνική επικοινωνία είχε διακοπεί. Κατά πληροφορίες αποφάσισε ο διοικητής του Αγγλικού στρατεύματος που υπήρχε στον Πλατανιά και έστειλε αγγελιοφόρο να πάει στο ύψωμα και να γυρίσει να πει τι συμβαίνει. Ο αγγελιοφόρος δε γύρισε ποτέ.
Με το που ανέβηκαν οι Γερμανοί στο ύψωμα 107, έπεσε η Κρήτη.
Το χωριό στη διάρκεια της Γερμανικής Κατοχής είχε ερημώσει. Οι κάτοικοι αναζήτησαν καταφύγιο σε άλλα χωριά:
Μετά την κατάληψη του χωριού, μέρος του Μάλεμε έγινε στρατόπεδο αιχμαλώτων. Υπήρχαν πέντε με έξι χιλιάδες αιχμάλωτοι, Έλληνες και Άγγλοι, μέσα στα συρματοπλέγματα. Μέσα στο στρατόπεδο ήταν και ο Άγιος Αντώνιος. Όταν οι Γερμανοί άδειασαν το στρατόπεδο χρησιμοποίησαν την εκκλησία ως αποθήκη για ανταλλακτικά αεροπλάνων. Αυτό έγινε η αιτία να βομβαρδιστεί επανειλημμένα ο ναός από τους Άγγλους.
Το Μάλεμε είχε άλλες τρεις εκκλησίες στην περιοχή του αεροδρομίου. Στο κέντρο του αεροδρομίου, περίπου 200 μέτρα πάνω από τη θάλασσα, υπήρχε ο Άη Γιώργης. Χαλάστηκε για να γίνει το αεροδρόμιο. Εκεί κοντά ήταν το κοιμητήριο του χωριού και ο ναός της Αγίας Μαρίνας, τον οποίο εχάλασαν οι Γερμανοί επειδή έδινε στόχο για βομβαρδισμό του αεροδρομίου. Τέλος ο Άγιος Ιωάννης, ο οποίος υπήρχε εκατό περίπου μέτρα πριν τη γέφυρα του Ταυρωνίτη, χαλάστηκε για τον ίδιο λόγο.
Το χωριό είχε εγκαταλειφθεί από τους κατοίκους στα χρόνια της Γερμανικής Κατοχής:
Μέναμε στ’ άλλα χωριά, όπου γνώριζε καθένας. Εμείς ειδικά πήγαμε στο Ντερέ τις πρώτες μέρες. Ύστερα πήγαμε στη Λίμνη, μετά στο Κοντομαρί και στην Κίσσαμο. Το χωριό μας εμαρτύρησε από κάθε άποψη.
Μετά την απελευθέρωση, όταν πια το χωριό συνήλθε, άρχισαν να επουλώνονται και οι πληγές στα κτίσματα. Το σχολείο είχε πληγεί από τους βομβαρδισμούς. Κάτω από το δάπεδο είχαν σκάψει καταφύγιο οι Γερμανοί. Το κτίριο κρίθηκε πλέον ακατάλληλο. Μέχρι πρότινος το σχολείο στεγαζόταν στην αίθουσα πολιτιστικών εκδηλώσεων, η οποία υπάρχει δίπλα στον Άγιο Αντώνιο. Σήμερα υπάρχει το άρτιο σχολικό κτιριακό συγκρότημα Μάλεμε. Το εξατάξιο δημοτικό σχολείο (και νηπιαγωγείο) συγκεντρώνει παιδιά από όλα τα γύρω χωριά. Το κοιμητήριο μεταφέρθηκε σε μια πλαγιά νότια του χωριού. Εκεί οικοδομήθηκε και ο νέος ναός της Αγίας Μαρίνας, ο οποίος εορτάζει πανηγυρικά κάθε χρόνο στις 17 Ιουλίου.