Puis vint la guerre:
Les Britanniques voulaient la construction d’un aéroport à Maleme. Les villageois ont donné les terres nécessaires au projet. Après tout, leurs enfants se battaient déjà en Albanie.
Lors de la bataille de Crète, les Allemands avaient l’intention d’occuper l’aéroport de Malème, car ce n’est qu’ainsi que leurs avions auraient pu atterrir. Ils l’ont réussi la nuit du deuxième jour de la bataille. Jusque-là, leurs avions tombaient l’un après l’autre, touchés par des mitrailleuses, des canons et même des lance-missiles, mais principalement depuis la position de combat sur la colline 107 de Vlacheronitissa. Cette nuit-là, les Britanniques n’avaient pas pu envoyer de réserves sur la colline. La communication téléphonique avait été interrompue. Selon les informations, le commandant de l’armée anglaise qui se trouvait à Platanias a décidé d’envoyer un messager pour se rendre sur la colline et en revenir avec des nouvelles. Le messager n’est jamais revenu.
La Crète se rendit après la prise par les Allemands de la colline 107.
Pendant l’occupation allemande, le village fut abandonné. Les résidents cherchèrent refuge dans d’autres villages:
Après l’occupation du village, une partie de Maleme est devenue un camp de prisonniers de guerre. Il y avait de cinq à six mille prisonniers, Grecs et Anglais, entre les clôtures de barbelés. L’église d’Agios Antonios se trouvait également à l’intérieur du camp. Lorsque les Allemands vidèrent le camp, ils utilisèrent l’église comme entrepôt pour les pièces d’avion. Cela a poussé les Britanniques à bombarder l’église à plusieurs reprises.
Maleme avait trois autres églises dans la zone de l’aéroport. Au centre de l’aéroport, à environ 200 mètres au-dessus de la mer, se trouvait Saint – Georges. Elle a été démolie pour construire l’aéroport. A proximité se trouvaient le cimetière du village et l’église de Sainte Marina, qui a été détruite par les Allemands parce qu’elle était devenue un point de repère pour le bombardement de l’aéroport. Enfin, l’église d’Agios Ioannis, qui se trouvait à une centaine de mètres avant le pont de Tavronitis, a été détruite pour la même raison.
Le village a été abandonné par les habitants pendant l’occupation allemande:
Nous vivions dans les autres villages, chacun où il pouvait. Nous par exemple, nous sommes allés à Dere dans les premiers jours. Puis nous sommes allés à Limni, puis à Kontomari et Kissamos. Notre village a souffert de touts les points de vue.
Après la libération, lorsque le village s’est à nouveau réuni, les blessures dans les bâtiments aussi ont commencé à cicatriser. L’école avait été touchée par les bombardements. Les Allemands avaient creusé un refuge sous le plancher. Le bâtiment fut à ce point jugé impropre. Jusqu’à récemment, l’école était abritée par la salle d’ événements culturels, située à côté de l’église d’Agios Antonios. À présent, il y a le complexe de bâtiments scolaires de Maleme. L’école primaire (et maternelle) rassemble des enfants de tous les villages environnants. Le cimetière a été déplacé sur une pente au sud du village. On y a construit aussi la nouvelle église d’Agia Marina, dont la fête est célébrée chaque année le 17 juillet.